冷藏集裝箱商品通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因?yàn)槠湓诓烧^后仍然能夠進(jìn)行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。

冷藏集裝箱的水果的低設(shè)定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認(rèn)為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運(yùn)載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，就注意確保這類貨物以佳狀態(tài)交付。對(duì)于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學(xué)物品，奶制品，人工氣調(diào)儲(chǔ)藏運(yùn)輸貨物）外，其通風(fēng)設(shè)備通常要保持開啟狀態(tài)。

冷藏集裝箱的一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應(yīng)當(dāng)注意大多數(shù)冷凍裝置僅能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數(shù)量。人工氣調(diào)儲(chǔ)藏運(yùn)輸?shù)呢浳镄枰褂媚軌蚶玫投趸继娲鯕馑降挠猛镜募b箱，來延長已采摘的產(chǎn)品的保質(zhì)期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識(shí)來確定適宜的氣體濃度水平。

隨著現(xiàn)代化集裝箱碼頭在世界各地的新建和集裝箱碼頭基礎(chǔ)設(shè)施和設(shè)備的不斷完善，門到門的冷藏集裝箱運(yùn)輸為食品冷鏈運(yùn)營提供廣闊的發(fā)展空間。因?yàn)闈M載食品、水果或者果汁的冷藏集裝箱可以直接從農(nóng)場(chǎng)、果園或者加工廠開到超級(jí)市場(chǎng)倉庫或者配送中心，而擁有自足或者電力供應(yīng)系統(tǒng)的冷藏集裝箱本身也是冷藏食品的臨時(shí)倉庫，在遠(yuǎn)洋貨輪、火車、駁船或者卡車上遠(yuǎn)途運(yùn)輸，尤其是現(xiàn)代化集裝箱船可以把大批水果冷藏箱從拉丁美洲，長途跋涉地運(yùn)到遠(yuǎn)東，中東、北美和歐洲等地區(qū)。

人們常用二手冷藏集裝箱運(yùn)輸和保存易腐蝕貨物（蛋白質(zhì)制品或新鮮水果和蔬菜）。在日常使用中，很多人稱它為“凍柜”，誤認(rèn)為它跟家用冰箱一樣，可以在短時(shí)間內(nèi)完全冷凍貨物并長時(shí)間保持。實(shí)際上，這種認(rèn)知是錯(cuò)誤的，只對(duì)了其中一半。

二手冷藏集裝箱的冷藏制冷能力有限，主要用于保持貨物溫度。也就是說，人們把-20℃的貨物裝進(jìn)去，它能保持貨物在-20℃，安全地運(yùn)送到目的地；人們把5℃的貨物裝進(jìn)去，它能保持貨物在5℃下安全地運(yùn)送到目的地。如果把常溫下（20℃）的貨物，直接裝箱并要求它冷凍到-20℃，將無法實(shí)現(xiàn)。因此，貨物在裝入二手冷藏集裝箱之前需先降溫到溫度。