醫(yī)院污水處理流程選擇是醫(yī)院污水處理設(shè)計(jì)的關(guān)鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運(yùn)行費(fèi)用以及管理安全等問(wèn)題。根據(jù)醫(yī)院污水排出口的標(biāo)高和所接入的城市下水道的標(biāo)高之差，確定是采用自排式還是提升式的消毒工藝。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工藝，高差較小時(shí)可采用超聲波自動(dòng)定比投氯消毒工藝或提升式定比投氯消毒工藝。

新標(biāo)準(zhǔn)對(duì)醫(yī)院產(chǎn)生的污水、廢氣和污泥進(jìn)行了全面控制，在強(qiáng)調(diào)對(duì)含病原體污水的消毒效果的同時(shí)，兼顧生態(tài)環(huán)境安全。在生物指標(biāo)上，新標(biāo)準(zhǔn)對(duì)排入下水道與排入水體的醫(yī)院污水提出不同要求。新標(biāo)準(zhǔn)嚴(yán)格區(qū)分醫(yī)院性質(zhì)，同時(shí)根據(jù)污水去向分為兩個(gè)等級(jí)，并在原有標(biāo)準(zhǔn)基礎(chǔ)上提出嚴(yán)格的控制各級(jí)指標(biāo)。新標(biāo)準(zhǔn)考慮了消毒效果和生態(tài)安全性問(wèn)題，針對(duì)不同性質(zhì)醫(yī)院及污水去向?qū)ο緯r(shí)間和余氯量均作了明確規(guī)定，嚴(yán)格了余氯標(biāo)準(zhǔn)的上限。在理化指標(biāo)方面，對(duì)排入地表水體的醫(yī)院污水和傳染病醫(yī)院污水的COD、BOD5、SS、動(dòng)植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標(biāo)都在原有標(biāo)準(zhǔn)基礎(chǔ)上進(jìn)行了嚴(yán)格的控制，以增強(qiáng)污水處理系統(tǒng)的抗風(fēng)險(xiǎn)性?？紤]氨氮也消耗消毒劑，對(duì)氨氮也提出了嚴(yán)格的要求。

曝氣量的分布是否均衡和穩(wěn)定也是影響處理效果和能耗的一個(gè)重要原因。在曝氣系統(tǒng)運(yùn)行時(shí)，由于種種干擾，曝氣量的分布會(huì)發(fā)生變化，比如，一個(gè)地方曝氣頭堵塞，氣體流量會(huì)減少，同時(shí)，也會(huì)造成其它地方流量增大，相反，曝氣頭破損，氣體流量會(huì)大增，同時(shí)會(huì)造成其它地方流量銳減。這些都會(huì)使生物反應(yīng)不平衡，處理質(zhì)量下降。
為達(dá)到處理效果，不得不調(diào)整曝氣量，而此時(shí)某一點(diǎn)的溶解氧的變化亦不能準(zhǔn)確反映生物池的處理狀態(tài)，使得以溶解氧為指標(biāo)的控制變得不穩(wěn)定，能耗增加。