實際分子式中會包含多個果糖分子和可能的葡萄糖殘基，且聚合度（DP）為2~60。在某些資料中，菊粉也被描述為具有C228H382O191的分子式，但這可能是一個特定分子量或平均分子量的表示，而非普遍適用的分子式。

菊粉分子約由31個β-D-呋喃果糖和1~2個吡喃菊糖殘基聚合而成，果糖殘基之間能通過β-2,1-鍵連接。是由D-果糖經(jīng)β(1→2)糖苷鍵鏈接而成的線性直鏈多糖，末端常帶有一個葡萄糖殘基。

菊粉可溶于水，微溶于冷水和酒精，在水中溶解度隨溫度升高而增大，10℃時溶解度為6%，90℃為33%~35%。

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