產品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產還將產生外部間接成本。

即所有轉化過程將不可避免地導致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應盡量不占用耕地和居民點用地，應采用能適應惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質能，積累大量脂類，并能生產生物燃料。某些產油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。

20世紀70年代，美國能源部為了發(fā)展可持續(xù)能源，對微藻進行了大規(guī)模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據估計，藻類的年產油量可達到每公頃養(yǎng)殖面積15000至80000升。

因為它是一種植物油燃料，不含甲醇，所以對甲醇。此外，植物油燃料是一種安全性很好的液體燃料。植物油燃料可通過管道運輸或儲存在普通塑料桶中，不會發(fā)生爆炸。使用時，植物油燃料燃燒無殘渣、黑煙和積碳。