產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

例如，為了監(jiān)督廢油的去向，促進廢油的回收和利用，英國已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統(tǒng)；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業(yè)的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購買。如果生物燃料要完全取代石油產(chǎn)品，不僅需要解決成本問題，還需要建立一個完整的生物燃料供應鏈。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。